El 20 de julio llegó a Madrid el coronado por su hermano Napoleón, como rey de España, José Bonaparte. Diez días más tarde tuvo que abandonar la ciudad, al ser vencidas las tropas francesas en la famosa batalla de Bailén. De nuevo en diciembre, el rey intruso estaba en Madrid con el propio Napoleón que había venido con un ejórcito tremendamente numeroso, instalándose en Chamartín.
Casi cuatro años estuvo en Madrid el rey José Bonaparte, mientras Carlos IV y su hijo, el futuro Fernando VII, estaban en Francia. Aunque no le guastara, ya que tenía toda la oposición del pueblo y casi todos los munistros, no tuvo más remedio que actuar como rey de España. Y en este estado de cosas comenzó su preocupación por el estado de la ciudad, que seguia siendo prácticamente medieval comparándola con París, de donde venía, y le llevó a proponer algunas modificaciones importantes que se dejaron notar.
Las primeras actuaciones consistieron en una serie de derribos de varias parroquias como: la de Santiago, en la plaza que lleva su nombre, en la que posteriormente se ha levantado otra iglesia con la misma advocación; la iglesia de San Martín, hoy plaza y calle del mismo nombre; y la de San Miguel, en la actualidad Plaza y mercado y la de San Juan, ubicada en la plaza de Ramales, (en ella, según se cree, estaba entenado el gran pintor Velázquez, con su desaparición se perdieron, los restos del pintor).
La piqueta llegó así mismo a algunos conventos, como los de monjas carmelitas de Santa Ana, y de monjes premostratenses de San Norberto. Ambos, dieron lugar a plazas tan conocidas como las de Santa Ana y la de los Mostenses.
Probablemente la actuación más importante de este monarca francés se produjo en la plaza de Oriente, donde desaparecieron la Biblioteca Real, el famoso Juego de Pelota y un crecido número de calles y plazuelas. La magnitud del espacio es perfectamente visible en cualquiera de los planos de la ópoca y con más claridad aún en la maqueta de León Gil de Palacios del Museo Municipal.
Otras intervenciones menores favorecieron la ampliación de calles como la de Toledo o plazas como la de las Cortes. Las actuaciones llevadas acabo pretendía hacerde Madrid una ciudad más sana y habitable, pues el abigarramiento de las casas, la estrechez de las calles, la falta de espacios abiertos y la inexistencia de plazas, la hacían insana e insalubre, en palabras del propio rey José.
Cuando el monarca francés se quejaba del aire madrileño y de su insalubridad, no lo hacía solamente por el caserío tan apiñado que formaba la ciudad, también le venían a la mente los cementerios, que estaban todos en el interior, o al lado de las iglesias, a pesar de las ordenanzas dadas por Carlos III, que obligaba o al menos aconsejaban su traslado a las afueras. Madrid tenía en esas fechas 175.000 habitantes, con algunos períodos de intensa mortalidad debido a alguna de las pestes o enfermedades contagiosas que puntualmente llegaban a la ciudad.
Con el Real Decreto de 1809 comenzó el traslado de los cementerios a las afueras de la ciudad. Juan de Villanueva, en ese mismo año, proyectó uno en el norte de la ciudad, en las inmediaciones de la actual plaza del Conde del Valle Suchil, pegado por tanto a la cerca urbana. Otro cementerio se localizó junto a la sacramental de San Lorenzo, al otro lado del Manzanares, y el tercero, abierto en 1811, es el actual de San Isidro, cerca de la ermita del Santo.
Mientras Fernando era el bufón de Napoleón, el pueblo y las fuerzas militares obstaculizaban el estado de cosas originado. Los políticos, hombres de ideas, jurisconsultos y eclesiásticos, con ese deseo mezcla de heroísmo y ambición, que caracteriza a los hombres en las épocas turbias de la Historia, se reunían en Cádiz formando las Cortes que darían su mayor rendimiento en una Constitución, la de 1812, "La Pepa", que ha sido la base de cuanto en política se ha hecho en España en todo el siglo XIX.